Salah satu yang terbesar di antara 88 pesantren di Sulawesi Tengah itu adalah Pondok Pesantren Al-Khairat. Pesantren ini sering kali disebut sebagai “Gontor-nya Sulawesi”. Karena sistem kurikulum dan pengelolaannya sangat mirip. Jaringan alumni dan cabangnya pun luas. Pesantren ini kalau berdasarkan kategori Kemenag merupakan pesantren modern yang penyelenggaraannya dalam bentuk dirásatu ‘l-islámiyah dengan metode pendidikan al-mu’allimín. Namun akan nampak berbeda bila dilihat secara detail berdasarkan perspektif Nurcholish Madjid. Menurut Cak Nur (sapaan akrab Nurcholish Madjid) dalam Bilik-bilik Pesantren, jenis pesantren terbagi menjadi empat. Pertama, pesantren yang penuh semangat mengimplementasikan pengelolaannya melalui sistem yang kompatibel dengan semangat modernitas. Kedua, pesantren yang sudah mulai melek kemajuan zaman namun tetap mempertahankan sebagian tradisi yang dianggap penting. Ketiga, pesantren yang semangatnya adalah tradisionalisme namun tetap berusaha menyemainya dengan modernitas. Keempat, pesantren yang sama sekali anti-pati terhadap gegap gempita modernisasi. Berdasarkan kategori ini, pesantren Al-Khairat sebenarnya adalah pesantren kategori ketiga. Semangatnya adalah tradisionalisme hanya penyelanggarannya yang menggunakan metodemetode modern. Kategorisasi ini didasarkan pada dominannya pengaruh tradisi Arab-Hadlramaut yang dibawa langsung oleh pendirinya, Habib Idrus bin Salim Aljufri. Di sinilah perbedaan Al-Khairat dengan PPICI. PPICI tampil sebagai pesantren kategori kedua. Semangat yang dibangunnya adalah modernisme sembari tetap mengambil sebagian dari tradisi lama pesantren yang dianggap penting. Di antaranya yang akan diadopsi dari tradisi pesantren saláf adalah attitude kesantrian (ádábu ‘l-muta’allím), metode memahami teks-teks keislaman yang berbahasa Arab (sorogan dan bandongan di bidang nahwusharráf), dan sistem kemadzhaban ahlu ‘sunnah wa ‘l-jamá’ah dalam perihal ‘ubúdiyah. Adapun semangat modernisme yang akan diterapkan dalam PPICI nanti adalah upaya melakukan rekonstruksi pemahaman keislaman yang pro terhadap—dan bahkan mendukung—segala bentuk gerakan perubahan menuju ke arah kemajuan dan perdamaian abadi. Pesantren ini akan mengintegrasikan keislaman, keindonesiaan, dan kemodernan