Tujuan penyelenggaraan Pesantren PPICI adalah menciptakan generasi baru Muslim Indonesia yang mampu menjadi agen perubahan masa depan dengan mengedepankan prinsip-prinsip kemajuan dan perdamaian abadi. Tujuan ini menjadi sangat penting mengingat tantangan aktual umat Muslim Indonesia dewasa ini, yaitu: (1) kejumudan dalam beragama yang berdampak pada stagnasi dan kemunduran peradaban, serta (2) kecenderungan memproduksi kampanye konflik yang berpotensi besar memecah belah persatuan bangsa.

Dua persoalan krusial tersebut membutuhkan penanganan serius, tidak hanya melalui pendekatan struktural berupa kebijakan-kebijakan pemerintah, tetapi juga melalui pendekatan kultural dengan melibatkan generasi muda sebagai subjek utama perubahan. Pelibatan pemuda Muslim dalam proyek pembangunan peradaban menjadi sangat strategis, mengingat peran dan pengaruh mereka di masa depan sangat menentukan arah kehidupan bangsa.

Apabila generasi Muslim Indonesia tumbuh dengan cara pandang keagamaan yang jumud dan bersifat antagonis terhadap perdamaian, maka masa depan peradaban Indonesia akan berada dalam risiko besar. Oleh karena itu, salah satu langkah fundamental dalam proyek peradaban ini adalah menghadirkan pendidikan keislaman yang progresif dan dialogis, sehingga Islam tidak dipahami secara statis atau terkungkung pada satu periode sejarah tertentu, melainkan hidup sebagai ajaran dan pedoman yang mampu merespons dinamika dan persoalan aktual.

Sejalan dengan tujuan tersebut, para santri PPICI yang dipersiapkan sebagai agen perubahan diharapkan mampu menguasai setidaknya dua sektor strategis, yaitu panggung keagamaan dan sektor ekonomi. Dengan bekal kemampuan dasar hafalan Al-Qur’an, pemahaman tafsir yang komprehensif dan kaya akan ragam perspektif, serta semangat kewirausahaan (tijārah), para santri diharapkan mampu mewujudkan cita-cita pembangunan peradaban baru: Islam yang progresif dan damai, Indonesia yang maju sebagai negara-bangsa, serta roda modernisasi yang terus bergerak tanpa hambatan.